Es muy común que no desearás tener al proceso del servidor Geronimo bajo el super usuario root. A continuación se presentan series de pasos simples para aplicar el cambio de pertenencia y permisos para los archivos necesarios, con el fin de correr Geronimo con otro usuario.

Las siguientes tareas deberían ejecutarse con una sesión de root ó de un usuario con los derechos de acceso necesarios.

1. crear un nuevo usuario (por ej. gmo) y agregarlo a un grupo de usuarios. Por ejemplo, podrías usar al grupo de usuarios predefinido www.
2. editado .bashrc para el usuario recién creado, y agregar las variables PATH y JAVA_HOME:
   PATH=$PATH:<java_home>/bin
export PATH
JAVA_HOME=<java_home>
export JAVA_HOME
3. cambiar el grupo de usuario a todos los subdirectorios en <geronimo_home>
   chown -R root:www <geronimo_home>
4. crear un directorio deploy dentro de la estructura de directorios <geronimo_home>.
5. cambiar los permisos de acceso a los siguientes directorios
   chmod -R 774 <geronimo_home>/bin
chmod -R 774 <geronimo_home>/deploy
chmod -R 774 <geronimo_home>/repository
chmod -R 774 <geronimo_home>/var
6. iniciar sesión como el nuevo usuario (por ej. gmo)
7. cd <geronimo_home>/bin
8. ./geronimo.sh run

Ya eres capaz de ejecutar y activar aplicaciones con un usuario distinto a root.