Tomcat sólo proporciona un contenedor de Servlet, apto para mantener aplicaciones web. Geronimo está diseñado para implementar todo el stack J2EE (ahora conocido como JavaEE), que incluye: un contenedor de Servlet, un contenedor de EJB, proveedor de mensajería (JMS) y contenedor Java Connector (JCA). Una pregunta más interesante sería sobre la relación entre esos dos proyectos, pero probablemente alguién más pueda hablar sobre eso.